Der Tourismus ist für das Land eine wichtige Einnahmequelle. Besonders für Bali, welches jedes Jahr von ca. 4 Millionen Touristen besucht wird, die vornehmlich aus Australien, den USA und Europa stammen. Allerdings sind die Besucherzahlen hier nach den Bombenanschlägen von 2002 stark zurückgegangen. Tourismus gibt es auch auf Komodo, wo der Komodowaran heimisch ist. Nordsulawesi, insbesondere das Gebiet um Manado (v. a. Bunaken und die Lembeh Straße) und die Togian-Inseln sind bekannt als Taucherparadies, das Toraja-Gebiet im Süden Sulawesis berühmt für seinen Totenkult. Allerdings hat der Tourismus in Indonesien durch Anschläge auf Bali in den letzten Jahren deutliche Einschnitte erlebt, von denen er sich jedoch langsam wieder erholt.
Für West Papua, bekannt für seine Vielzahl steinzeitlicher Kulturen, ist eine besondere polizeiliche Erlaubnis (Surat Jalan) nötig um Ziele im Landesinneren besuchen zu können. Sämtliche Orte der Reise müssen genau eingetragen sein. Reisende sind verpflichtet, sich mit diesem Formular am Zielort bei der örtlichen Polizei zu melden. Journalisten erhalten seit 2003 keine Einreisegenehmigung für West Papua.