Aus westlicher Sicht bestand 1997 mit der Wahl von Präsident Mohammed Chatami Hoffnung auf Besserung der Menschenrechtslage. So konnten sich in der Folge auch diverse Nichtregierungsorganisationen gründen. Die Bemühungen erfuhren schließlich durch die Verleihung des Friedensnobelpreises im Jahre 2003 an die iranische Menschenrechtsaktivistin Shirin Ebadi internationale Beachtung.
Amnesty International berichtet jedoch noch immer von massiven Menschenrechtsverletzungen in großer Zahl.
Unter anderem von 73 Toten und mehreren Hundert Verletzten bei Übergriffen von Polizei- und Sicherheitskräften bei drei öffentlichen Kundgebungen 2005. Weiter wird von einem kurdischen Oppositionellen berichtet, der im Juli 2005 von Sicherheitskräften getötet und anschließend mit einem Jeep durch die Straßen der Stadt geschleift wurde. Daraufhin kam es zu Aufständen unter der kurdischen Bevölkerung, die wiederum zu 21 Todesopfern und über 190 Verhaftungen führten.
Weiterhin werden nichtmuslimische religiöse Minderheiten (inklusive der rechtlich anerkannten Zoroastrier, Juden und Christen) im Iran systematisch benachteiligt. Insbesondere zeigt das die Verfolgung der Bahai, die im Iran die größte religiöse Minderheit stellen und als Apostaten gelten. Ebenso wird die Verfolgung der Sufis (islamische Mystiker) von Seiten der Regierung toleriert bzw. unterstützt. [1] Redefreiheit ist im Iran nicht gegeben. Journalisten, Webblogger, Menschenrechtsaktivisten und Oppositionelle müssen mit Repressalien, Verhaftung und Folter rechnen. Amnesty International kritisiert weiter die iranischen Gerichte bzw. Sondergerichte wegen Nichteinhaltung der internationalen Standards für faire Verfahren. Folter und Misshandlungen an Gefangenen ist üblich.
94 Menschen wurden im Iran 2005 hingerichtet, darunter acht Minderjährige. Es gibt Berichte über viele weitere, noch nicht vollstreckte Verurteilungen zum Tode, dabei elf weitere Minderjährige. Weiter wurde eine Frau zum Tod durch Steinigung verurteilt.[2] Üblicherweise werden die meisten Todesurteile in den islamischen Staaten nach der Scharia traditionell im Iran, in Katar, im Yemen und in Saudi Arabien durch teils öffentliche Enthauptung am Morgen, bei aufgehender Sonne, ausgeführt. Weiter sind auch Steinigungen, Erhängen oder öffentliches Auspeitschen, auch für Personen unter 18 Jahren, als Strafen für Vergewaltigung, Mord, Drogenhandel und Gotteslästerung üblich. Auch öffentlicher Alkoholkonsum wird bestraft.
Im Islam sind traditionell Jungen ab 15 Jahren und Mädchen schon ab neun Jahren volljährig und voll straffähig. Für Apostasie im Islam ist nach wie vor die Todesstrafe vorgesehen. Einige Todesurteile werden auf internationalen Druck hin nicht mehr vollstreckt.
Homosexualität widerspricht dem Islam, wobei laut internationalen Menschenrechtsorganisationen für Homosexualität alleine keine Todesurteile ausgesprochen wurden. Für Homosexualität in Verbindung mit Vergewaltigung wurden in letzter Zeit aber Todesurteile verhängt.
Die Meldung von zwei Jugendlichen, die im Juli 2005 wegen homosexueller Handlungen hingerichtet wurden, sorgte weltweit für Aufsehen und wurde wegen des internationalen Entsetzens nachträglich von iranischen Behörden so erweitert, dass die beiden einen weiteren, unbekannten Dreizehnjährigen vergewaltigt haben sollen.
Aufgrund einer Fatwa von Ajatollah Chomeini sind im Gegensatz zu anderen islamischen Ländern im Iran geschlechtsangleichende Maßnahmen sowie der anschließende Wechsel des juristischen Geschlechts im Iran erlaubt.