Haifa, Aschdod und Eilat sind die drei Hafenstädte des Landes. In Chadera, Tel Aviv und Aschkelon gibt es ebenfalls kleinere Häfen, die jedoch nur Kohle, Erdgas oder Erdöl für nahe liegende Elektrizitätskraftwerke liefern. In Aschkelon, Aschdod, Tel Aviv, Herzlia, Haifa und Eilat existieren Jachthäfen. Kreuzfahrtschiffe legen gelegentlich in Haifa, Aschdod und Eilat an. Saisonale Fährverbindungen nach Zypern und weiter nach Griechenland und Italien verkehren nur ab Haifa.