Japan ist eine Inselkette, die sich entlang der Ostküste Asiens erstreckt. Die Hauptinseln sind Hokkaidō im Norden, die zentrale und größte Insel Honshū, sowie Shikoku und Kyūshū im Süden. Dazu kommen ca. 3000 kleinere Inseln, die sich vor allem in der Seto-Inlandsee und als Ryūkyū-Inseln konzentrieren.
Über dem gesamten Archipel verläuft eine Gebirgskette, die ungefähr 73 % der Landmasse Japans ausmacht. Der höchste Berg Japans ist der Fujisan auf der Hauptinsel Honshū mit 3776 m über dem Meeresspiegel. Nur in den Hauptballungsgebieten Kantō (mit Tokio und Yokohama) und Kansai (Ōsaka, Kyōto und Kōbe) finden sich größere Ebenen. Auf Grund des Mangels an Flachland werden Berghänge durch Terrassenfeldbau kultiviert.