Aufgrund der Nord-Süd-Ausdehnung des Landes ist das Klima in Japan sehr unterschiedlich ausgeprägt, die Inselkette erstreckt sich von der kalt-gemäßigten Klimazone in Hokkaidō, mit kalten und schneereichen Wintern, bis in die Subtropen in der Präfektur Okinawa. Dazu kommt der Einfluss von Winden - im Winter vom asiatischen Kontinent zum Meer, und im Sommer vom Meer zum Kontinent. Im späten Juni und frühen Juli fällt im Süden ein Großteil des Jahresniederschlages als monsunartige Regenfront (梅雨前線, baiu zensen). Außerdem ist im Sommer und im Herbst Taifun-Saison mit durchschnittlich über zwanzig Wirbelstürmen jährlich.
Japan kann wegen seiner breit gefächerten geographischen Verhältnisse in sechs Hauptklimaregionen eingeteilt werden:
Hokkaidō: nicht sonderlich starke Niederschläge, aber während der langen kalten Winter größere Schneeverwehungen
Japanisches Meer: Der Nordwestwind im Winter bringt starken Schneefall. Im Sommer ist diese Region kühler als die pazifische Region, jedoch gibt es hier öfter Föhn.
Zentrales Hochland (Chūō-kōchi): starke Temperaturunterschiede zwischen Sommer und Winter sowie Tag und Nacht, geringe Niederschläge
Seto-Inlandsee: Die Berge der Region Chūgoku und Shikoku halten den Wind auf und führen zu einem ganzjährig milden Klima.
Pazifikregion: kalte Winter mit geringem Schneefall und heiße trockene Sommer
Nansei-shotō (Ryūkyū-Inseln): Subtropisches Klima mit warmen Wintern und heißen Sommern. Starke Niederschläge vor allem während der Regenzeit, regelmäßig auftretende Taifune.