Impfungen sind nicht erforderlich, wenn man direkt von Deutschland, Österreich oder der Schweiz nach Japan fliegt.
Der Gesundheitsdienst des Auswärtigen Amts empfiehlt als sinnvollen Impfschutz: Schutz gegen Tetanus, Diphtherie, Poliomyelitis und Hepatitis A, bei Langzeitaufenthalt über drei Monate auch Hepatitis B. Auf kleineren Inseln im Süden Japans soll noch Japanenzephalitis vorkommen. Bei Reisen hierhin ist die entsprechende Impfung zu erwägen.