Die meisten der kenianischen Museen, die über das ganze Land verstreut liegen, werden von den "National Museums of Kenya" (NMK) verwaltet.
Nairobi National Museum; dieses Museum ist besonders interessant und wichtig. Dort werden spartenübergreifend naturgeschichtliche, zoologische, anthropologische, kulturelle und historische Aspekte behandelt.
Fort Jesus in Mombasa
Gedi Ruinen, in Gedi bei Malindi
Hyrax Hill bei Nakuru
Jumba la Mtwana, in Mtwapa bei Mombasa
Kabarnet Museum in Kabarnet
Karen Blixen Museum in Nairobi
Kapenguria Museum in Kapenguria
Kariandusi Museum bei Gilgil
Kisumu Museum in Kisumu
Kitale Museum in Kitale
Koobi Fora im Sibiloi National Park
Lamu Museum in Lamu
Meru Museum in Meru
Mnarani Ruinen in Kilifi
Narok Museum in Narok
Olorgesailie in der Nähe des Magadisees
Siyu Fort auf Pate Island
Takwa Ruinen auf Manda Island
Thimlich Ohinga 45 km westlich von Migori
Weitere Museen werden von anderen organisationen unterhalten, so das Railway Museum oder die National Archives.