Zentral-Kenia wird vom Rift Valley, einem Teil des Ostafrikanischen Grabenbruchs, durchzogen. Die höchste Erhebung, der Batian mit 5.199 m, befindet sich im Mount-Kenya-Massiv, der tiefste Punkt liegt bei 0 m an der 480 km langen Küste des Indischen Ozeans; dort sind teilweise Korallenbänke vorgelagert. Die längsten Flüsse des Landes sind: Tana, Athi und Kerio.