Kirgisistan liegt im Hochgebirge Tienschan; die höchsten Erhebungen erreichen 7.439 m (Dschengisch Tschokusu) und 7.134 m. Die Bevölkerung konzentriert sich vor allem im Tschüital im Norden und dem Ferghanatal im Süden sowie in geringerem Maße in Bergtälern wie dem um den großen See Yssykköl (kirgis. Ысыккөл). Den südlichen Abschluss des Landes bildet die Gebirgskette des Alai. Zu den bedeutendsten Flüssen des Landes gehören der Naryn, der Tschüi und der Talas.
Bis in eine Höhe von 1.500 m besteht das Land aus Steppe, die allerdings durch weitläufige Bewässerungssysteme urbar gemacht worden ist. Ab 1.500 m herrschen alpine Wiesen und Weiden vor, die bis an die Schneefelder und Gletscher heranreichen. Die Wälder befinden sich in Höhenlagen von 1500 bis 4000 m ü. NN und beherbergen etwa 120 Baum- und Straucharten. Mit nur 4 % Waldfläche ist Kirgisistan eins der waldärmsten Länder Asiens, beherbergt aber die größten Walnusswälder der Welt. In den Wäldern leben Reh, Bär, Marder, Wildschwein und Luchs. In den Hochlagen gibt es die höchst seltenen Schneeleoparden und Marco-Polo-Schafe sowie Adler und Falken. Murmeltiere sind in den Hochwiesen weit verbreitet, und seit dem Zusammenbruch der sowjetischen Massenweidetierhaltung dringen Wölfe wieder in wachsender Zahl in die Weidegegenden ein.