Hochgebirge trennen den Norden und den Süden Kirgisistans. Die Verkehrsverbindungen sind grundsätzlich mangelhaft, abgesehen von der Gegend um Bischkek. Eine ganzjährlich benutzbare Straßenverbindung von Bischkek in den Süden besteht erst seit 2003. In den Bezirken Osch, Batken und Dschalalabat sind die Hauptdurchgangsstraßen durch häufige Grenzübergänge durch usbekisches und tadschikisches Gebiet behindert, da der Straßenbau während der Sowjetzeit ohne Berücksichtigung administrativer Grenzen ausgeführt wurde. Es gibt tägliche Flugverbindung von Bischkek nach Osch und mehrfach wöchentlich auch von Bischkek nach Dschalalabat. Es gibt zwei Straßenverbindungen nach China, die aber im Winter häufig durch schwere Schneefälle und Lawinen blockiert sind.
Das minimale Schienennetz, im Grunde lediglich letzte Ausläufer des ehemaligen sowjetischen Eisenbahnnetzes und heute durch die Grenzen mit Kasachstan und Usbekistan durchschnitten, hat eine Länge von nur 370 km und spielt kaum eine Rolle im inländischen Verkehr. Allerdings bestehen fahrplanmäßige Personen- und Frachtverbindungen bis nach Moskau.
Auf dem See Yssykköl besteht geringer Schiffsverkehr.