Kolumbien liegt im Nordwesten Südamerikas und grenzt sowohl an den atlantischen (1.600 km Grenzlinie), als auch an den pazifischen Ozean (1.300 km Grenzlinie). Im Südwesten liegen Ecuador und Peru, im Südosten Brasilien, im Nordosten Venezuela und im Nordwesten Panama.
Kolumbien gliedert sich in fünf außerordentlich unterschiedliche Großräume. Die westliche Hälfte Kolumbiens wird von den Anden dominiert, die in drei große Bergketten geteilt sind: die westliche, die zentrale und die östliche Kordillere. Zwischen den Bergketten fließen die großen, teilweise befahrbaren Flüsse Cauca und Magdalena in den atlantischen Ozean. Der Westen Kolumbiens entwässert über den Atrato in den Pazifik. Die Hochgebirge beherbergen die zum Teil aktiven Vulkane Galeras, Nevado del Huila (5.750 m), Nevado del Ruiz (5.400 m), Puracé, Nevado del Tolima (5.215 m) und Nevado de Santa Isabel (4.965 m).
Einen besonderen Fall stellt das pyramidenförmige Gebirgsmassiv der Sierra Nevada de Santa Marta an der Karibikküste dar, das vom übrigen Gebirgssystem isoliert ist. Die höchsten Gipfel sind der Pico Cristóbal Colón sowie der Pico Simón Bolívar, beide jeweils 5.775 m hoch und in der Sierra Nevada de Santa Marta gelegen. Mit knapp 5.775 m weist es nicht nur die höchste Erhebung Kolumbiens auf, sondern ist als das höchste Küstengebirge der Erde überhaupt anzusprechen.
Klimatisch weist der andine Raum die typische, von Alexander von Humboldt beschriebene Höhenstufung tropischer Hochgebirge auf.
Die östliche Hälfte ist durch dicht bewaldetes Flachland charakterisiert, durch das die Flüsse Putumayo, Yapura, Meta und Guaviare fließen, die entweder im Orinoco oder im Amazonas münden.
Das karibische Küstentiefland Kolumbiens ist weitgehend eben und, vom Küstenstreifen abgesehen, auch relativ dünn besiedelt. Weite Teile des Tieflandes sind von großflächigen Sumpfgebieten geprägt, die eine Verkehrserschließung erschweren. Kolumbien hat Küsten sowohl am atlantischen wie am pazifischen Ozean. Die bekanntesten Inseln im Atlantik sind der Archipel von San Andrés und Providencia (770 km nordwestlich von Kolumbien), mit den Inseln San Andrés, Providencia und Santa Catalina. Der karibischen Küste vorgelagert ist die Insel Fuerte und die Archipele von San Bernardo und del Rosario. Das pazifische Küstentiefland ist, von wenigen Hafenstädten abgesehen, weitgehend unbesiedelt, was insbesondere auf seine immerfeucht-heißen Klimabedingungen zurückzuführen ist, die mit bis zu 10.000 mm Niederschlag im Jahr als extrem zu bezeichnen sind. Die Region ist weitgehend mit tropischem Regenwald bedeckt und von einer starken Vielfalt von Flora und Fauna geprägt, was eine Erschließung zusätzlich erschwert. Als einzige Verkehrswege dienen praktisch die natürlichen Wasserstraßen, vor allem der Atrato, der in Richtung Karibik entwässert. Im Pazifik liegen die Inseln Malpelo und Gorgona und Gorgonilla.
Die östliche Landeshälfte Kolumbiens lässt sich in zwei Großräume unterteilen, deren Unterscheidungsmerkmal in erster Linie die Fließrichtung der Flüsse ist. Der Raum mit den Richtung Orinoco entwässernden Flüssen wird als Orinokien bezeichnet. Er ist in Kolumbien auch unter dem Namen Llanos Orientales bekannt. Das Gebiet ist weitgehend eben und weist als einziges Gebirge die Serranía de la Macarena auf, die zwar naturräumlich dem andinen Raum zugerechnet werden kann, jedoch wesentlich älter als die Andenkordilleren ist, was durch ihre nordwest-südöstliche Orientierung dokumentiert wird. Die Llanos Orientales sind von einer Feuchtsavanne bedeckt, wobei die heftigen Niederschläge der Regenzeit die wenigen Straßen der Region oft unpassierbar machen. Vom Ostfuß der Anden abgesehen, ist das kolumbianische Orinokien weitgehend unbesiedelt.
Das südöstliche Viertel Kolumbiens umfasst den kolumbianischen Teil Amazoniens. Diese Region ist nahezu vollständig von dichtem Regenwald bedeckt, einer extrem hohen Biodiversität geprägt und mit Ausnahme einer Anzahl indigener Bevölkerungsgruppen kaum besiedelt.
Die großen Lagunen Kolumbiens erstrecken sich auf den Anden. Einige sind: Laguna de Guatavita, Laguna de Tota, Laguna de Iguaque und die Laguna de La Cocha
Kolumbiens größte Städte sind die Hauptstadt Santa Fé de Bogotá, Medellín, Cali, Cartagena de Indias, Barranquilla, Ibagué, Manizales, Pasto, Cúcuta und Bucaramanga.