Die ursprüngliche Vegetation - dichter tropischer Regenwald mit wertvollen Holzarten - ist stark zurückgedrängt und fast nur noch in höheren Lagen erhalten. Plantagen und Savannen prägen heute die Landschaft; in Niederungen kommen vor allem Kokospalmen, Bananen und Mangobäume vor. Die Küsten sind teilweise von Mangroven bewachsen. Die Landfauna ist relativ artenarm und zeigt Ähnlichkeit mit der Madagaskars. Es gibt seltene Vogel- und Schildkrötenarten sowie eine nur hier anzutreffende Halbaffenart, den Mongozmaki. Die Küstengewässer samt den Korallenriffen sind dagegen reich an vielerlei Wassertieren. Eine Besonderheit ist der Quastenflosser. 1938 wurde vor den Komoren erstmals ein Vertreter dieser bis dahin nur als Fossil bekannten Gattung gefangen.