Gemäß der Verfassung von 2001 sind die Komoren eine Bundesrepublik und der Islam Staatsreligion. Staats- und Regierungschef ist der für vier Jahre direkt gewählte Präsident, wobei nach dem Rotationsprinzip jedesmal ausschließlich die Bevölkerung einer einzelnen Insel abstimmen darf. Bei den Präsidentschaftswahlen 2006 durften nur Kandidaten der Insel Anjouan antreten, nachdem 2002 Grande Comore den Präsidenten gestellt hatte. Als Sieger ging am 14. Mai der gemäßigte Islamist Ahmed Abdallah Sambi hervor. Der auf den Komoren wegen seiner theologischen Studien in Iran auch "Ajatollah" genannte sunnitische Unternehmer setzte sich mit 58 % der Stimmen gegen den vom bisherigen Präsidenten unterstützten Ibrahim Halidi (28 %) durch. Nach seiner Wahl bestritt Sambi vehement, die Komoren in einen islamischen Staat verwandeln zu wollen. Die Legislative liegt bei der Unionsversammlung mit 33 Mitgliedern, von denen 18 alle fünf Jahre gewählt werden, während die übrigen 15 Sitze Abgeordneten der regionalen Parlamente vorbehalten sind. Seit 1990 gibt es ein Mehrparteiensystem. Aus den Wahlen 2004 ging das Camp of the Autonomous Islands (CdIA) mit 12 Sitzen vor der Convention for the Renewal of the Comoros (CRC) mit 6 Sitzen als Sieger hervor. Alle Einwohner im Alter ab 18 Jahren besitzen das Wahlrecht. Höchste juristische Instanz ist der Oberste Gerichtshof. Die Komoren sind Mitglied der Vereinten Nationen (VN), der Afrikanischen Union (AU), der Arabischen Liga und der Organisation Islamischer Staaten (OIC).