Die Mehrzahl der Flüsse münden in das Schwarze Meer (Donau, Save, Drau Mur, Kupa und Una), die restlichen in die Adria (Zrmanja, Krka, Cetina und Neretva). Die Flüsse im Norden sind sehr verschmutzt, am stärksten davon die Save zwischen Zagreb und Sisak.
Die längsten Flüsse, die durch Kroatien fließen, sind die Save (kroat. Sava, 562 km) sowie die Drau (kroat. Drava, 505 km). Diese Flüsse bilden zu großen Teilen der Grenzen zu Bosnien-Herzegowina bzw. zu Ungarn. Beide Flüsse fließen zur Donau, dabei ist die Save der wasserreichste, die Drau der viertwasserreichste Nebenfluss der Donau. Die Donau trennt Kroatien von der serbischen Provinz Vojvodina. Der kroatische Anteil an der Donau ist 188 km lang, zudem grenzt Kroatien fast ausschließlich an die rechte Donauseite.
Die Kulpa (kroat. Kupa, 269 km) bildet im Oberlauf einen Großteil die Grenze zu Slowenien. Sie mündet in Sisak in die Save, die ab dort schiffbar ist. Weiter Flüsse sind die Korana, Krapina, Lonja, Mur sowie die Vuka.
Die Flüsse aus den Dinariden zur Adria sind relativ kurz, einzig die in der Herzegovina entspringende Neretva stellt einen bedeutenden Fluss in die Adria dar.