Die Flora und Fauna Kroatiens zeichnet sich durch eine große biologische Vielfalt aus, zu der auch zahlreiche endemische Arten gehören.
Im Jahre 2004 erklärte die kroatische Regierung das gesamte kroatische Meeresgebiet zu einem ökologischen Schutzgebiet und einer kontrollierten Fischfangzone (kroat. „ekološki i ribolovni pojas“), um die vorhandene und empfindliche Meeresfauna und Vegetation zu schützen. Die Vorgehensweise wurde von Italien, Slowenien und auch der restlichen EU kritisiert, da mit dem Gesetz auch die Fischereirechte berührt werden.