Große Raubtiere wie Braunbären, Wölfe, Goldschakale und Luchse sind vor allem in den gebirgigen Regionen Kroatiens anzutreffen. Zu den vorkommenden Greifvögeln gehören Gänsegeier sowie Stein- und Schlangenadler. Große Vogelarten der Feuchtgebiete sind Sichler und viele Reiherarten. In der Küstenregion leben zahlreiche Reptilien wie Schildkröten (Land-, Sumpf- und Meeresschildkröten), Eidechsen, Geckos und Schlangen (Nattern, Ottern) geeigneten Lebensraum. Typische Bewohner der unterirdischen Höhlen der verkarsteten Gebiete sind Grottenolme.