Kroatien besitzt mehrere Hochschulen (kroatisch sveučilište) und verschiedene Fachhochschulen (kroatisch veleučilište). Die sieben Universitäten des Landes befinden sich in Dubrovnik, Osijek, Pula, Rijeka, Split, Zadar sowie in der Hauptstadt Zagreb. Daneben unterhalten die einzelnen Universitäten zahlreiche Institute in anderen Städten Kroatiens, wie z.B. in Varaždin. Weitere etwa 40 Forschungsinstitute bzw. wissenschaftliche Großprojekte werden in einer offiziellen Website zusammengefasst.
Die älteste genuin kroatische Wissenschaftsinstitution ist Matica Hrvatska, welche in der Donaumonarchie zur Kultur- und Sprachpflege ins Leben gerufen wurde.