Nach dem Wahlsieg der oppositionellen BCP unter Ntsu Mokhehle in der Wahl von 1970 annullierte Premierminister Jonathan das Ergebnis, setzte die Verfassung außer Kraft, rief den Notstand aus und trieb König Moshoeshoe II. zeitweilig ins Exil. Mitglieder der Oppositionsparteien wurden verhaftet. Die verbliebenen Oppositionellen riefen nach der Bekanntgabe einer Übergangsverfassung 1973 eine Exilregierung aus, die allerdings bedeutungslos blieb.
Außenpolitische Spannungen löste in den Jahren 1982/83 die Behauptung Südafrikas aus, Lesotho unterstütze die in Südafrika verbotene Anti-Apartheid-Bewegung ANC. Die weiße Minderheitsregierung Südafrikas verhängte daraufhin Sanktionen gegen das wirtschaftlich stark vom großen Nachbarland abhängige Königreich und führte Militäraktionen gegen Lesotho aus. Am 9. Dezember 1982 wurden bei einem Angriff Südafrikas über 40 Menschen getötet. Die Weigerung Jonathans, dem ANC die Unterstützung zu entziehen und ihn aus dem Land zu vertreiben, führte nach jahrelangen innenpolitischen Unruhen am 20. Januar 1986 zu einem unblutigen Militärputsch unter General Justin Metsing Lekhanya. Die regierungstreue Nationalversammlung wurde aufgelöst, Parteien verboten und ein sechsköpfiger Militärrat gebildet. König Moshoeshoe II. wurde mit umfangreichen exekutiven und legislativen Rechten gestärkt und herrschte bis zu seiner erneuten Vertreibung ins Exil 1990 gemeinsam mit dem Vorsitzenden des Militärrates Lekhanya.
Ein Jahr nach der Krönung von König Letsie III. im Jahr 1990 wurde General Lekhanya von Oberst Elias Phisoana Ramaema, dem neuen Vorsitzenden des Militärrates, abgesetzt. Dieser leitete im Jahr 1993 die Entstehung einer neuen demokratischen Verfassung ein. Die ersten freien Wahlen wurden von der BCP unter Ntsu Mokhehle gewonnen. Nur ein Jahr später, im August 1994, löste König Letsie III., unterstützt durch das Militär, das Parlament wieder auf und setzte Teile der Verfassung außer Kraft. Die Regierung der Putschisten brach allerdings nach etwa einem Monat auseinander, so dass die alte Regierung wieder eingesetzt werden konnte. 1995 kehrte König Moshoeshoe II. zurück auf den Thron, verstarb aber bei einem Autounfall im Jahr 1996, so dass sein Sohn Letsie III. am 31. Oktober 1997 die Königswürde zurückbekam. Die Wahl von 1998 konnte vom neu gegründeten Lesotho Congress for Democracy (LCD) unter der Führung von Bethuel Pakalitha Mosisili gewonnen werden. Durch das Mehrheitswahlrecht gewann die Partei 79 der 80 Parlamentssitze. Daraufhin legten rebellierende Oppositionsparteien in blutigen Auseinandersetzungen nahezu das gesamte öffentliche Leben lahm. Aus Furcht vor einem erneuten Staatsstreich wurden Truppen aus Südafrika und Simbabwe auf Bitten des Premierministers ins Land gerufen, um die Lage zu stabilisieren. Nach einer Phase der Entspannung und einer Änderung des Wahlrechts konnten die letzten Soldaten bis 2001 das Land wieder verlassen. Die Wahl von 2002, die der amtierende Premierminister Mosisili erneut gewinnen konnte, wurde von der Opposition und einer breiten Mehrheit der Bevölkerung anerkannt.