Durch seine lange geographische Isolation beherbergt Madagaskar eine einzigartige Fauna. Urtümliche Tiergruppen wie die Lemuren und andere Feuchtnasenaffen kommen nur hier vor. Die Raubtiere sind auf Madagaskar nur durch Eupleridae vertreten, die Fossa, die Fanaloka und den Falanuk. Eine weitere rein madagassische Tiergruppe sind die igelähnlichen Tenreks. Die Bernierente, die heute zu den seltensten Wasservögeln der Welt gehört, ist ein weiteres Beispiel. Dafür fehlen auf der Insel viele Arten wie zum Beispiel Affen und Giftschlangen. Noch bis vor relativ kurzer Zeit verfügte Madagaskar auch über eine ausgeprägte Megafauna, die etwa die gewaltigen Elefantenvögel, verschiedene Arten von Riesenlemuren wie Megaladapis und Palaeopropithecus, drei Arten von endemischen Flusspferden und viele andere außergewöhnliche Tiere beinhaltete. Das Verschwinden dieser Tiere wird allgemein mit der Besiedlung der Insel und der daraus resultierenden Bejagung, sowie der massiven Lebensraumzerstörung durch Brandrodung in Zusammenhang gebracht.