1958 wurde Madagaskar Republik in der Communauté Française und erlangte am 26. Juni 1960 schließlich die Unabhängigkeit. 1971 wurde das Land von Bauernunruhen erschüttert. Zwischen 1972 und 1975 regierte eine Militärdiktatur. Ab 1975 herrschte ein sozialistisches Regime, das sich erst Anfang der 1980er-Jahre wieder dem Westen näherte. Eine neue Verfassung beschränkt seit 1992 die Macht des Präsidenten.
Durch sie wurde Madagaskar zu einer Präsidialrepublik, deren erster Präsident aber nach vier Jahren abgesetzt wurde, da er seine verfassungsmäßigen Kompetenzen überschritt.
Daraufhin wurde 1996 Didier Ratsiraka von der Partei Association pour la Renaissance de Madagascar (kurz AREMA, etwa „Vereinigung zur Wiedergeburt Madagaskars“, heutiger Name Avant-garde pour la rénovation de Madagascar, etwa „Avantgarde/Vorhut zum Wiederaufbau Madagaskars“), die in den 1970er-Jahren als Einheitspartei unter dem Namen Avant-garde de la Révolution Malgache („Vorhut der madagassischen Revolution“) die Macht innehatte, mit knapper Mehrheit zum neuen Präsidenten gewählt, aber erst nach einigem Zögern des Verfassungsgerichts vereidigt.
Ratsiraka setzte kurz nach seiner Vereidigung Mitte 1998 eine Verfassungsänderung durch, die ihm mehr Macht zusprach. Im April 2001 wurde zum ersten Mal die zweite Kammer, der Senat, gewählt.
Bei den Präsidentschaftswahlen am 16. Dezember 2001 erhielt Marc Ravalomanana offiziell anfangs keine absolute Mehrheit (46 %), weigerte sich aber, sich einem zweiten Wahldurchgang zu stellen, da er seinen Informationen nach 52 % der Stimmen erhalten hatte. Am 28. April gab das Verfassungsgericht aber ein neues Ergebnis heraus, wonach er mit 51,3 % (gegenüber 35 % für den bisherigen Präsidenten) gewonnen hatte. Ravalomanana wurde vom Verfassungsgericht zum Sieger erklärt. Dazwischen lagen turbulente Monate mit bürgerkriegsähnlichen Zuständen. Der bisherige Präsident Didier Ratsiraka floh, Ravalomanana rief zu Generalstreiks auf und es gab 30 bis 40 Tote.
Auch wenn sich die Lage mittlerweile wieder stabilisiert hat, sind die Unzufriedenheit und Armut der Bevölkerung weiterhin sehr groß. Auch von der Wirtschaftskrise infolge der Unruhen hat sich Madagaskar nach wie vor nicht vollständig erholt.
Am 18. November 2006 versuchte Andrianafidisoa in einem Militärputsch den Präsidenten zu stürzen.