Die Landesfläche umfasst etwa 118.484 km² (Weltrang 99), davon 31 % Wald und Buschland, 25 % Wasserfläche, 20 % Ackerland, 15 % Wiesen und Weiden.
Malawi liegt nahezu vollständig im Bereich des ostafrikanischen Grabenbruchsystems. Die Landschaftsgestalt wird von Hochflächen, die von einzelnen Inselbergen überragt werden, weiten Ebenen und dem Malawisee (früher: Njassasee - njassa "See" auf Chichewa) bestimmt. Die nördliche Region ist bergig, die höchsten Gipfel steigen hier bis zu 3.000 m an. Mit einer Fläche von etwa 29.600 km², 570 Kilometer Länge und einer Breite bis zu 80 Kilometern ist der Malawisee der größte See Malawis und zugleich das drittgrößte Binnengewässer Afrikas; er gehört überwiegend zum malawischen Staatsgebiet. Südlich des Sees setzt sich der Grabenbruch fort.
Das aus einer Ebene mit grünen Teeplantagen herausragende imposante Mulanje-Massiv bildet die höchste Erhebung des Landes, der höchste Berg ist der Sapitwa mit 3.002 m Höhe. Der längste Fluss ist der Shire mit 402 km Länge. Als südlicher Abfluss des Malawisees durchströmt der Shire zunächst den Malombesee, bevor er in Mosambik in den Sambesi mündet (hier befindet sich mit 37 m Höhe auch der niedrigste Punkt in Malawi).