Die Geschichte Malawis muss erst noch erforscht werden. Die früheste nachweisbare Besiedelung erfolgte durch Stämme der San. Nördlich von Lilongwe sind in den Höhlen zweier markant aus der Landschaft ragenden Berge aus Granitfels noch heute steinzeitliche Zeichnungen dieser Kultur von Jägern und Sammlern zu finden. Die frühste Eisenzeitliche Kultur in südlichen Malawi ist gekennzeichnet durch die Nkope-Keramik, die hier ab ca. 200 n. Chr. einsetzt und sich bis ins 11. Jahrhundert nachweisen lässt. Die nächste nachweisbare Besiedlung erfolgte durch den Chewa-Stamm aus dem Luba-Gebiet, wobei die Angaben zur Zeit der Einwanderung je nach politischer oder wissenschaftlicher Absicht zwischen 1000 und 1480 AD schwanken.
Auf malawischen Boden befand sich vor dem Zeitalter des Kolonialismus angeblich das Königreich der Maravi. Sklavenhandel von Ostafrika und Sansibar her und Stammeskriege beutelten die nördlichste Region. 1859 erreichte David Livingstone als erster Europäer den Malawisee. 1891 wurde Malawi britisches Protektorat, 1907 wurde dieses in die Kolonie Njassaland umgewandelt. 1915, als die britische Regierung die Wehrpflicht für die Koloniebewohner anordnete, revoltierte die einheimische Bevölkerung unter dem Baptistengeistlichen John Chilembwe gegen die Fremdherrschaft.
1953 wurde Malawi (Njassaland) Mitglied der Zentralafrikanischen Föderation.
Am 6. Juli 1964 erlangte das Land unter Premierminister Hastings Kamuzu Banda die Unabhängigkeit, der exakt zwei Jahre danach, am 6. Juli 1966, die Republik ausrief und ihr erster Präsident wurde. Banda regierte das Land an der Spitze der Malawi Congress Party (MCP) diktatorisch. Diese Diktatur endete erst 1993 mit einem friedlich ablaufenden Referendum, welches 1994 in freie Wahlen mündete. Initiiert worden war diese Entwicklung durch einen Hirtenbrief von sechs römisch-katholischen Bischöfen im Jahr 1992, in dem erstmals seit Jahren öffentlich politische Reformen gefordert wurden.
Bei den ersten freien Wahlen wurde Bakili Muluzi von der United Democratic Front (UDF) zum Präsidenten gewählt und 1999 wiedergewählt. Nach vergeblichen Versuchen, die Verfassung zu ändern, um seine Präsidentschaft zu verlängern, wurde er nach der umstrittenen Wahl vom 20. Mai 2004 von dem von ihm als Nachfolger gewünschten Bingu Mutharika (UDF) abgelöst, vor allem weil die Oppositionsparteien sich nicht auf einen gemeinsamen Gegenkandidaten einigen konnten. Die Vereidigung des neuen Präsidenten fand am 24. Mai 2004 in Blantyre im Beisein mehrerer afrikanischer Staatschefs statt.