Wichtige Seehäfen befinden sich in den Städten Tanjong Kidurong, Kota Kinabalu, Kuching, Pasir Gudang, Penang, Port Kelang, Sandakan and Tawau. Daneben verfügt das Land über etwa 7.200 Kilometer schiffbarer Wasserwege, wobei sich davon 4.000 Kilometer in Ostmalaysia befinden.