Die Besiedlung der Malediven nahm ihren Anfang im 5. Jahrhundert v. Chr., als sich buddhistische Fischer aus Indien und der Insel Ceylon (dem heutigen Sri Lanka) auf den Inseln niederließen. Im 12. Jahrhundert errichteten arabische Kaufleute ein Sultanat auf den Inseln und führten den Islam ein.
1558 besetzten die Portugiesen die Inseln, sie wurden aber in einem acht Jahre andauerenden Guerillakrieg durch Muhammad Thakurufaan 1573 wieder vertrieben. Erst im 17. Jahrhundert schaffte es ein europäisches Land, die Inseln zu unterwerfen: Die Niederlande machten aus dem maledivischen Sultanat ein Protektorat, nachdem sie auch Ceylon besetzt hatten. Als die Niederlande Ceylon an die Briten 1796 verloren, gerieten auch die Malediven unter britischen Einfluss.
Von 1887 bis 1965 waren die Malediven britisches Protektorat.
1932 erhielten die Malediven ihre erste Verfassung von Sultan Mohammed Shamsudeen III. . 1942 baute das Vereinigte Königreich einen Militärflughafen auf der Insel Gan. 1953 wurde die Republik ausgerufen. Daraufhin übernahm ein Verwandter des Sultans das Präsidentenamt. Nach einer Volksabstimmung wurde jedoch wieder das Sultanat eingeführt und Mohammed Farid Didi wurde erneut Sultan. Drei Jahre später, 1956, erhielten die Malediven innere Autonomie, jedoch bauten die englischen Kolonialisten weitere Militärflughäfen. 1963 gab Großbritannien die Inseln auf, behielt aber das Nutzungsrecht an den Militärflughäfen. Die Malediven traten dem Colombo-Plan bei. Zwei Jahre später wurden die Malediven unabhängig.
Per Verfassungsänderung wurde 1968 das Sultanat in eine Republik umgewandelt und die über 250 Jahre lange Herrschaft der Didi beendet. Amir Ibrahim Nasir wurde Staats- und Regierungschef. Ein Jahr später wurde die Republik unter dem Namen Malediven erneut ausgerufen. 1972 wurden die Ämter des Staatsoberhauptes und des Regierungschefs getrennt. Drei Jahre später wurde das Amt des Regierungschefs wieder abgeschafft und der Präsident übernahm dieses Amt. 1976 verließen die Briten das Land endgültig, da die 30-jährige Nutzungszeit der Militärflughäfen abgelaufen war. 1982 traten die Malediven dem Commonwealth bei. In der Hauptstadt Malé fand 1989 eine internationale Konferenz wegen der Bedrohung der Inseln durch den steigenden Meeresspiegel statt.
1972 setzte der Massentourismus auf die Inseln ein. Am 26. Dezember 2004 wurden zahlreiche Siedlungen und Touristenresorts auf den Inseln durch eine Flutwelle in Folge des Seebebens im Indischen Ozean stark beschädigt oder zerstört. Anders als die an flachen Meeresbereichen gelegenen Küsten Sri Lankas oder Indiens, wo Tsunamis ihre Kraft entwickeln können, blieben die meisten Atolle von größeren Zerstörungen verschont.