Die Mehrheit der maltesischen Bevölkerung (98 %) ist römisch-katholisch. Daneben gibt es nur einige wenige Protestanten, Orthodoxe und Juden. Das historische Valette hatte einen kleinen jüdischen Wohnbezirk. Die islamische Gemeinschaft besteht im Wesentlichen aus auf Malta lebenden Libyern, insgesamt 2 % Muslime. Die katholische Kirche hat einen starken Einfluss auf die maltesische Politik, so sind beispielsweise Ehescheidungen verboten, Schwangerschaftsabbruch ist strafbar und „oben ohne“ baden verboten. Es gibt 365 katholische Kirchen in Malta; aufgrund dieser Tatsache sagen Malteser oft, sie hätten eine Kirche für jeden Tag im Jahr.
Historisch wird dies damit begründet, dass der Apostel Paulus im Jahr 60 n. Chr. an der kleinen Felseninsel Selmunetta Schiffbruch erlitten haben soll. Seither habe sich die Bindung ans Christentum gefestigt und umgekehrt seien die Inseln auch Ziel vieler Pilgerfahrten gewesen (auch nach Palästina).
Der Katholizismus ist in der Verfassung als Religion des maltesischen Volkes verankert und wird auch von großen Teilen der Bevölkerung gelebt.