Auf den Inseln der Republik Malta finden sich Spuren einer Jahrtausende alten Geschichte. Sie reichen von den ersten monumentalen steinzeitlichen Tempelanlagen über römische Gräber und Katakomben bis zu den Wehranlagen des Malteserordens. Malta stand unter dem Einfluss vieler Kulturen. Im Laufe der Jahrhunderte beherrschten Phönizier, Griechen und Römer die Insel. Im 9. Jahrhundert, als die Inseln zum Byzantinischen Reich gehörten, wurde die Inselgruppe von den Arabern erobert. Im 11. Jahrhundert gingen die Inseln an Sizilien und 1282 an Spanien. 1530 gab der spanische König die Inseln an den Johanniterorden, dessen katholischer Zweig heute als Malteserorden firmiert. Der Orden des heiligen Johannes zu Jerusalem zu Rhodos und zu Malta (früher auch als Hospitalier bezeichnet) verstärkte die Befestigungsanlagen am Hafen und verteidigte die Insel erfolgreich gegen osmanische Angriffe (Die große Belagerung, 1565). Als deren Konsequenz wurde 1566 die Festungsstadt Valletta (benannt nach dem Großmeister Jean Parisot de la Valette) gegründet.
1798 musste der Orden kampflos französischen Revolutionstruppen unter Napoleon weichen. Die Briten besetzten Malta 1800 und führten die Inseln nach dem Sieg über Napoleon als Koloniegebiet und prägten so die Kultur des heutigen Malta maßgeblich. Zuletzt spielte Malta im Zweiten Weltkrieg eine bedeutende Rolle, als es zu heftigen Kämpfen um den strategisch wichtigen Hafen kam, von dem aus der Nachschub des deutschen Afrikakorps empfindlich gestört wurde (s. a. Zweite große Belagerung Maltas).
Die Bevölkerung der Insel erhielt dafür 1942 vom englischen König das Georgskreuz verliehen, das auch auf der Staatsflagge gezeigt wird. 1947 wurde dem Land die Selbstverwaltung als parlamentarische Demokratie gewährt. 1964 erhielt Malta die volle Unabhängigkeit von Großbritannien. 1974 deklarierte Malta sich als Republik. Am 1. Mai 2004 trat Malta der Europäischen Union bei.