Auch die Pflanzenwelt ist durch das Atlasgebirge zweigeteilt: Nordwestlich des Gebirges überwiegt der mediterrane Bewuchs, südöstlich davon die Wüstensteppe. Geschlossene Waldbestände mit Stein- und Korkeichen, Thujen, Atlaszedern und Aleppokiefern finden sich noch in den regenreichen Gebirgszonen und den westlichen Ebenen; sie bedecken nur etwa ein Zehntel der Landesfläche. Im südlichen Küstenbereich wachsen Arganien und Jujuben. Im übrigen hat der jahrhundertelange Raubbau die Mittelmeervegetation - soweit sie nicht Kulturflächen weichen musste - auf Baumheiden, Erdbeerbäume, Pistazien, Wacholderarten und Zwergpalmen reduziert. Oberhalb der Waldgrenze (bei 3.100 m) gibt es eine Stufe von Polsterpflanzen. Jenseits des Atlasgebirges ist Trockensteppenvegetation mit Büschelgräsern und Dornsträuchern vorherrschend; in der nordöstlichen Hochsteppe wächst das widerstandsfähige Halfagras. In den wenigen Oasen werden Dattelpalmen kultiviert.
Die wildlebenden Tiere haben sich in die dünnbesiedelten Gebiete Marokkos zurückgezogen; einige Arten, wie etwa der Wüstenluchs, sind vom Aussterben bedroht. Noch relativ häufig sind Berberaffen (Magots), Gazellen, Hyänen, Schakale und Wüstenfüchse (Feneks); auch Reptilien (Eidechsen, Chamäleons, Schildkröten, Schlangen) kommen zahlreich vor. Vogelarten gibt es sehr viele, unter ihnen Störche, Zwergadler, Geier, Bussarde und Milane. Das Gebiet um den Jabal Toubkal im Hohen Atlas wurde 1942 zum Nationalpark erklärt.