Mazedonien ist ein Binnenstaat und grenzt an Serbien (teilweise an den Kosovo), Bulgarien, Griechenland und Albanien.
Der Staat ist ein Gebirgsland mit mehreren Dutzend Zweitausendern, darunter einigen Gipfeln von 2700 bis 2.800 m. Der höchste Berg ist der Golem Korab. Im Nordwesten liegt das Gebirge Šar Planina. Der Fluss Vardar entspringt im westlichen Hochgebirge nahe der Grenze zu Albanien bzw. zum Kosovo und durchfließt das gesamte Land in Richtung Südosten. Er bildet die Hauptorientierungsachse des Landes und hat vier größere Nebenflüsse.
Im Südwesten an der Grenze zu Albanien hat Mazedonien je etwa zu zwei Drittel Anteil am Ohridsee und am Prespasee. Diese Seen (Höhe 700 bzw. 900 m) sind etwa 400 km² groß und sind durch Tektonik in einer geologischen Schwächezone der Erdkruste entstanden. Der Ohridsee ist sehr tief und reich an Fossilien; beide Seen und der Nationalpark ringsum zählen zum UNESCO-Weltkulturerbe.
Das Klima ist im gebirgigen Landesinneren relativ rau. Generell liegt es im Übergang zwischen dem mediterranen und dem kontinentalen Klima.