Nach den Zahlen der Volkszählung von 2002 haben etwa 45 % keine Angaben zu ihrer Konfession gemacht oder sind nicht gläubig. Die zweitgrößte Gruppe mit etwa 32,4 % der Bevölkerung sind orthodoxe Christen, 16,9 % sind Muslime und schätzungsweise 5 % gehören anderen Religionsgemeinschaften an, unter anderem der Römisch-Katholischen Kirche.
Die orthodoxen Christen in Mazedonien sind größtenteils Angehörige der Mazedonischen Autokephalen Kirche, die ein eigenes Oberhaupt hat, jedoch international nicht anerkannt wird.