Im Rahmen der Affäre um die Entführung des Deutsch-Libanesen Khaled al-Masri Ende 2003 wurden schwere Vorwürfe gegen den mazedonischen Inlandsgeheimdienst erhoben. Dieser habe al-Masri am Silvestertag 2003 bei dessen Einreise inhaftiert, 23 Tage lang illegal festgehalten, ihm den Kontakt zu deutschen Behörden verwehrt, um ihn schließlich der CIA zu übergeben. Al-Masri wurde fünf Monate lang in so genannten Folterlagern der CIA in Afghanistan misshandelt, bevor er freigelassen wurde mit der Begründung, es habe sich um eine Namensverwechselung gehandelt. International wurde der Fall als Beispiel dafür gewertet, dass der mazedonische Staatsapparat in Teilen von den USA kontrolliert wird. Dies sorgt für anhaltende Konflikte, da das Land die EU-Mitgliedschaft beantragt hat.
Im Dezember 2005 wurde dem Land der Status eines offiziellen EU-Beitrittskandidaten verliehen.
Am 5. Juli 2006 fanden Parlamentswahlen statt. Sieger wurde mit rund 32 Prozent der abgegebenen Stimmen das Parteienbündnis Für ein besseres Mazedonien, das von der Mitte-rechts-Partei VMRO-DPMNE angeführt wird. Die bisher regierenden Sozialdemokraten erreichten mit ihren Bündnispartnern nur 23 Prozent. Das Bündnis der beiden großen Albanerparteien erreichte 12 Prozent.