Die ursprüngliche Glaubensform der zentralasiatischen Steppenbewohner war der Tengrismus, eine Form des Schamanismus. Besonders auf dem Land spielen viele Elemente dieses Glaubens im Alltag auch heute noch eine große Rolle.
Im 16. Jahrhundert etablierte sich in der Mongolei die tibetische Form des Buddhismus (Vajrayana). Der Herrscher Altan Khan verlieh 1578 zum ersten Mal den Titel Dalai Lama an Sonam Gyatso (seine zwei Vorgänger wurden posthum ernannt). 1586 wurde aus den Steinen der ehemaligen Hauptstadt Karakorum auf einem 16 Hektar großen Gelände das buddhistische Kloster Erdene Zuu errichtet, das über 60 buddhistische Tempel beherbergte.
Seither ist die vorherrschende Religion in der Mongolei der Lamaismus, insbesondere dessen tibetische Linie Gelugpa, aus der auch der derzeitige 14. Dalai Lama, Tenzin Gyatso, stammt. Einen starken Einbruch gab es in der Zeit des Sozialismus unter sowjetischer Dominanz, als viele Klöster und Tempel zerstört wurden, darunter auch 1937 Erdene Zuu. Tausende von Lamas wurden ermordet oder verbannt. Nach der Demokratisierung 1991 lebte die Ausübung der Religion aber wieder stark auf. In zahlreichen mongolischen Jurten findet sich heute wieder ein Portrait des Dalai Lama.
Die meisten der als Minderheiten in der Mongolei lebenden Turkvölker, wie z.B. die vorwiegend im Bajan-Ölgii-Aimag lebenden Kasachen, sind Anhänger des Islam, mit Ausnahme der Tuwiner.