Vor den großen Erkundungsfahrten der Europäer lebten Araber an der Küste vor Afrika. Sie betrieben Handel zwischen Afrika und Indien mit Gold, Elfenbein und Sklaven. 1498 landete Vasco da Gama als erster Europäer in Mosambik. Auf der Insel von Mosambik (Ilha de Mozambique) traf er mit dem Scheich Moussa Ben Mbiki zusammen, von dem sich der Name Mosambik ableitet. Darauf bemächtigten sich die Portugiesen dieser Handelsplätze und drangen auf der Suche nach Gold entlang des Sambesi ins Landesinnere. Jahrhunderte lang begnügten sich die Portugiesen mit dem Handel von Sklaven und kümmerten sich nicht groß um die Bevölkerung. Ihre Diktatur dauerte bis ins 20. Jahrhundert und durch Zwangsarbeit, ausbeuterische Arbeitsverträge und rücksichtslose Behandlung verschlechterten sich die Lebensbedingungen in den Kolonien sehr. Bis 1898 war die Stadt Ilha de Moçambique Hauptstadt des Landes. Sie gab dem Land auch seinen Namen.
1890 musste Portugal britischem Druck nachgeben und auf die Verbindung Angolas und Mosambiks zu einem geschlossenen südafrikanischen Kolonialreich verzichten. Statt dessen nahm in den portugiesischen Kolonien der Einfluss britischen Kapitals beträchtlich zu. Verhandlungen über ein britisch-deutsches Bündnis führten aber schon 1898 zum sogenannten Angola-Vertrag: Für den Fall, dass Portugal Geld brauchen sollte, vereinbarten Deutschland und Großbritannien eine gemeinsame Anleihe, für die die portugiesischen Kolonien als Pfand vorgesehen waren. Im Falle der erwarteten Zahlungsunfähigkeit Portugals sollten Angola und Nord-Mosambik an Deutschland, Süd-Mosambik an Großbritannien fallen. Deutschland verzichtete dafür auf die Unterstützung der Buren in deren Kampf gegen Großbritannien. Das Abkommen wurde am 30. August 1898 geschlossen, aber niemals umgesetzt und schon 1899 durch die Verlängerung der britischen Schutzgarantie (Windsorvertrag) für Portugal und all seine Besitzungen unterlaufen. Obwohl das britisch-deutsche Bündnis nie zustande kam, bemühte sich Großbritannien 1912-1914 nochmals, den endgültigen Bruch mit dem Kaiserreich aufzuschieben. Bei einem Besuch des britischen Königs in Berlin wurde 1913 der Vertrag von 1898 aus den Archiven geholt und sogar noch zugunsten Deutschlands modifiziert. Tatsächlich aber zögerte Großbritannien die Unterzeichnung bis Juli 1914 heraus, dann machten das Attentat von Sarajevo und der Ausbruch des Ersten Weltkrieges seine Umsetzung ohnehin unmöglich. So blieben Angola und Mosambik zunächst im Besitz Portugals. Während des Krieges jedoch erklärte Südafrika 1915 ganz Mosambik zum Eroberungsziel, ab 1917 zogen sich die die deutschen Kolonialtruppen aus Deutsch-Ostafrika kämpfend nach Mosambik zurück und besetzten bis 1918 tatsächlich weite Teile der Nordhälfte. Als Entschädigung erhielt Portugiesisch-Ostafrika beim Frieden von Versailles 1919 das Kionga-Dreieck.
1962 wurde die Freiheitsbewegung FRELIMO gegründet. Je stärker die Portugiesen an ihrem Kolonialbesitz festhielten, umso radikaler wurde der Widerstandswille der FRELIMO. 1964 gingen die Widerstandskämpfer in den bewaffneten Kampf über, der im Norden sehr erfolgreich endete. Doch erst nach der Nelkenrevolution und dem Sturz des diktatorischen Regimes in Portugal erlangte Mosambik am 25. Juni 1975, nach knapp 500 Jahren als Kolonie, die Unabhängigkeit. Samora Machel wurde der erste Staatspräsident, jedoch nicht durch allgemeine Wahlen. 1986 starb der FRELIMO-Präsident bei einem Flugzeugabsturz. In den FRELIMO setzten sich die marxistischen Kräfte durch. Da sie den Staat unter Kontrolle hatten, waren auch alle wichtigen Posten durch ihre Männer besetzt. Sie verstaatlichten die Industrie und gründeten landwirtschaftliche Produktionsgenossenschaften. Doch die Abwanderung europäischer Fachkräfte schwächte die Wirtschaft des Landes empfindlich. Mitte der siebziger Jahre entstand eine neue Widerstandsbewegung, die durch Südafrika und Rhodesien unterstützt wurde- die RENAMO. Im Gegensatz z. B. zur angolanischen UNITA hatte die erst nach der Unabhängigkeit entstandene RENAMO niemals gegen die portugiesische Kolonialmacht gekämpft und daher wenig moralischen Rückhalt in der mosambikanischen Opposition.
Das Land verfiel 1976 dennoch in einen 16-jährigen Bürgerkrieg zwischen FRELIMO und RENAMO, der zu einem völligen wirtschaftlichen Zusammenbruch führte. Mosambik erhielt Unterstützung z. B. nach 1980 von Simbabwe (ehemals Rhodesien), das 10.000 Soldaten zur Sicherung des Beira-Korridors entsandte. Im Land befanden sich 1983 außerdem 750 Militärberater und Ausbilder aus Kuba, 600 aus der Sowjetunion und 100 aus der DDR. Doch erst 1992, nach über 900.000 Toten und 1,3 Millionen geflüchteten Menschen, konnte das Land mit Hilfe von UN-Friedenstruppen stabilisiert, und die erste Oppositionspartei gegründet werden. Seit 1995 ist Mosambik neben Kamerun das einzige Mitglied des Commonwealth of Nations, welches nicht ehemals britische Kolonie gewesen ist. Die Auswanderung der Weißen in großem Ausmaß, die wirtschaftliche Abhängigkeit von Südafrika, eine anhaltende Dürre und der langgezogene Bürgerkrieg behinderte die wirtschaftliche Entwicklung des Landes. Seit der Abkehr vom Marxismus-Leninismus und der Einparteienherrschaft der FRELIMO hat sich die Renamo als politische Partei etabliert und stellt seit 1994 die parlamentarische Opposition im Lande. Die ersten demokratischen Wahlen wurden unter der Aufsicht von ONUMOZ im Oktober 1994 gehalten. Aus ihr ging die Festigung der alten Regierung hervor und RENAMO akzeptierte, nachdem Druck von Anrainer-Staaten ausgeübt wurde, die Sitze im Parlament, womit sie die Opposition formte. Im Februar des Jahres 2000 führen schwere Regenfälle zu einer Flutkatastrophe, die zahlreiche Menschenleben fordert, ein Rückschlag für das aufstrebende Land.