Neuseeland umfasst eine große Zahl an großen und kleineren Seen. Der durch den in der Zentralen Hochebene entspringenden Tongariro River gespeiste Tauposee (englisch: Lake Taupo) im Zentrum der Nordinsel ist mit Abstand der größte See des Landes. Mit einer Fläche von 616 km² ist er größer als der Bodensee. Der See befindet sich in der Caldera eines Supervulkans mit gewaltigen Ausmaßen und ist folglich vulkanischen Ursprungs. Die nächstgrößeren Seen liegen allesamt auf der Südinsel und wurden von Gletschern ausgeschoben. Der größte dieser Gletscherseen ist der Lake Te Anau mit einer Fläche von 344 km², gefolgt vom 80 km langen und 291 km² großen Lake Wakatipu nahe Queenstown sowie dem 192 km² großen Lake Wanaka. Ein interessanter Aspekt dieser als Southern Lakes bezeichneten Region ist, dass viele der Gletscherseen tiefer sind, als ihre Höhenlage, somit befindet sich der Grund der einzelnen Seen unterhalb des Meeresspiegels.
Neuseeland wird außerdem von zahlreichen Flüssen und Bächen durchzogen. Der längste Fluss des Landes ist der auf der Nordinsel gelegene Waikato River mit einer Länge von 425 km, der aus dem Tauposee entspringt und bei Port Waikato südlich von Auckland die Tasmanische See mündet. Der Clutha River im Süden der neuseeländischen Südinsel bildet mit 340 km den zweitlängsten Fluss des Landes. Er entspringt aus dem Lake Wanaka und mündet etwa 75 km südlich von Dunedin in den Südpazifik. Der drittlängste Fluss des Landes, der 290 km lange Whanganui River, befindet sich wiederum auf der Nordinsel und mündet bei Wanganui in die Cookstraße.