Etwa 85 % der neuseeländischen Pflanzenarten sind endemisch. Waren vor der Ankunft der Māori noch etwa 80 % des Landes mit Wäldern bedeckt, so wachsen heute noch auf gut 24 % der Landesfläche einheimische Wälder, von deren Fläche rund 77 % unter Schutz steht. Auf rund 5 % der Landesfläche werden von der neuseeländischen Forstwirtschaft schnellwachsende, nicht-einheimische Baumarten wie die Monterey-Kiefer (Pinus radiata) und der Küstenmammutbaum (Sequoia sempervirens) angebaut.
Die beiden wichtigsten einheimischen Waldtypen des Landes sind einerseits Nadelwälder, beispielsweise aus Steineibengewächsen (Podocarpaceae) oder Kauri-Bäumen (Araucariaceae) zusammengesetzt, sowie Laubwälder, die hauptsächlich aus Südbuchen (Nothofagus) bestehen. Die meisten neuseeländischen Bäume sind immergrün. Vor allem die Nadelwälder werden durch Epiphyten wie zum Beispiel dem Nordinsel-Eisenholz (Metrosideros robusta) in ihrer Erscheinung geprägt, aber auch einige wenige, mit unseren Misteln verwandte Arten leben hemiparasitisch auf Südbuchen. Unterhalb des dichten Walddaches kommen zahlreiche, meist endemische Farne vor. Am imposantesten sind zweifellos die Baumfarne (Cyatheales), die bis über zehn Meter hoch werden. Der bekannteste unter den Farnen ist der Ponga oder Silberfarn, er stellt die neuseeländische Nationalpflanze dar. Des Weiteren konnten sich in Neuseeland verschiedene Palmenarten wie zum Beispiel die Nikau-Palme (Rhopalostylis sapida) entwickeln. Besonders auffällig sind schließlich noch der Pohutukawa (Metrosideros excelsa), das Südinsel-Eisenholz (Metrosideros umbellata) und der sogenannte Cabbage Tree (Cordyline australis).
Ungefähr 10 % der Landesfläche sind mit einheimischer Offenlandvegetation bedeckt. Dazu gehören unter anderem Tussockgrasländer sowie Busch- und Heideland.
Wesentliche Teile der einheimischen Vegetation (circa ein Drittel der Landesfläche) stehen unter Naturschutz, zu guten Teilen in Nationalparks und so genannten Forest Parks.