Nicaragua wird parallel zur Pazifikküste von einer Kette aktiver Vulkane durchzogen, weshalb es auch das „Land der tausend Vulkane“ genannt wird. Der Kratersee „Lagune von Apoyo“ hat vor kurzem Berühmtheit erlangt. Hier konnte anhand des Buntbarschfisches nachgewiesen werden, dass sich verschiedene Arten auch ohne räumliche Isolierung entwickeln können (sogenannte sympatrische Artbildung).
An der Pazifikküste liegen auch die Zentren und wichtigsten Siedlungsräume des Landes, während die östlichen und südlichen Landesteile dünn besiedelt sind. Zwei große Binnenseen prägen die Geographie - der größere Nicaraguasee (Lago Cocibolca) im Südwesten mit mehreren Inseln und der kleinere Managuasee im Westen.
Die Karibikküste im Osten des Landes ist eine große Regenwaldregion. Sie wird auch Miskitoküste genannt.