Es gibt in Nigeria 22 Flughäfen mit asphaltierten Start- und Landebahnen. 21 weitere Pisten dienen hauptsächlich der Luftwaffe oder Ölfirmen. Für den Betrieb der Flughäfen ist die Behörde Federal Airports Authority of Nigeria zuständig. Steigende Kosten für Flugzeuge führten in den letzten Jahrzehnten zu einem Abbau des Inlandflugnetzes.
Die staatliche Fluglinie Nigeria Airways war 2003 hoffnungslos überschuldet und wurde von der britischen Virgin Group aufgekauft; seit dem 28. Juni 2005 fliegt sie unter dem Namen Virgin Nigeria Airways. Obwohl Städte wie Kano, Maiduguri oder Enugu einen Flughafen besitzen, konzentriert sich der internationale Flugverkehr nunmehr auf den Flughafen Lagos in Ikeja, was die Entwicklung anderer Regionen behindert.
Am 29. Oktober 2006 forderte der Absturz einer Boeing 737-200 der Fluggesellschaft ADC Airlines in der Nähe des Flughafens von Abuja rund 100 Menschenleben. Unter den Passagieren befand sich auch Mohammadu Maccido, der Sultan von Sokoto.