In den 1950er Jahren arbeitete Kim Il-sung an der Konsolidierung seiner unangefochtenen Führungsposition in Staat und Partei. Bis dahin bestand die Partei der Arbeit Koreas aus verschiedenen Fraktionen, die einander wenig Sympathie entgegenbrachten. Kim wollte zunächst die Gruppe der der Volksrepublik China zugeneigten Genossen (die so genannte "Yan'an-Fraktion") aus der Partei ausschließen. Dies stieß auf den Widerstand Chinas und der UdSSR. Kim wurde mit seiner Absetzung gedroht. Durch zeitweilige Zugeständnisse konnte er sich auf seiner Position halten. Das Erlebnis der Bedrohung von außen führte zu einer Verstärkung der isolationistischen Bestrebungen Kims. In den folgenden Jahren wurden so dennoch die Peking- und Moskautreuen Funktionäre ausgeschaltet. Durch diese „Säuberung“ in den Jahren von 1957 bis 1962 wurde Kims Position nachhaltig gestärkt, so dass sie zu Beginn der 1960er Jahre unangefochten war. Im Gegensatz zu den Säuberungen in der sowjetischen KP der Stalinzeit ging es in Nordkorea relativ unblutig zu. Viele Parteigenossen konnten nach China und in die Sowjetunion emigrieren. Dennoch wurden zahlreiche Angehörige der politischen Elite des Landes in dieser Zeit - z. T. in Schauprozessen - zum Tode verurteilt und hingerichtet. Die Anschuldigungen waren hierbei i. d. R. konstruiert. Parteigenossen, die aus dem Süden stammten, wurde vorgeworfen für die südkoreanische Regierung unter Syngman Rhee spioniert zu haben. Am 15. Dezember 1955 wurde Außenminister Pak Hon-yong als amerikanischer Spion zum Tode verurteilt. 1956 wurde Mu Chong, ehemaliger General der chinesischen Armee und im Koreakrieg Stabschef im Generalhauptquartier der vereinigten Streitkräfte von China und Nordkorea, als Vertreter der Yan'an-Gruppe hingerichtet.
1958 folgten weitere Säuberungen, die sich gegen generell sowjetfreundliche Kader, wie Hŏ Ka-i, Sympathisanten der Chruschtschowschen Tauwetterpolitik und wiederum mit China verbundene Funktionäre, wie Kim Du-bong, richteten. Die Säuberungen entwickelten sich - anders als in anderen kommunistischen Systemen - von einer zeitweiligen Erscheinung zu einem permanenten, dem System immanenten Phänomen. Noch 1997 gab es so eine Kampagne gegen reformorientierte Armeeangehörige und Parteikader, unter ihnen der Vorsitzende des Ministerrates Kang Song-san.[10]
Bereits Ende der 1960er Jahre tauchte in den staatlichen Medien Nordkoreas erstmals die Bezeichnung Führer für Kim Il-sung auf. Bis dahin war die Ehrung durch diesen Titel innerhalb der internationalen kommunistischen Bewegung Lenin und Stalin vorbehalten gewesen.