Der größte See ist der Neusiedler See im Burgenland, der mit ca. 77 % seiner Gesamtfläche von 315 km² in Österreich liegt (der Rest gehört zu Ungarn), gefolgt vom Attersee mit 46 km² und dem Traunsee mit 24 km² in Oberösterreich. Auch der Bodensee mit seinen 536 km² am Dreiländereck mit Deutschland (Freistaat Bayern und Land Baden-Württemberg) und der Schweiz liegt zu einem kleinen Anteil auf österreichischem Staatsgebiet. Allerdings sind die Staatsgrenzen auf dem Bodensee nicht exakt bestimmt.
Für den Sommertourismus in Österreich haben die Seen neben den Bergen große Bedeutung, insbesondere die Kärntner Seen und jene des Salzkammerguts. Die bekanntesten sind der Wörthersee, der Millstätter See, der Ossiacher See und der Weissensee in Kärnten. Weitere bekannte Seen sind Mondsee und Wolfgangsee an der Grenze zwischen Salzburg und Oberösterreich.