Nur noch 220.000 Hektar Osttimors sind Primärwald. Wo Wald vorhanden ist, handelt es sich meist um Sekundärwald. Noch immer geht in geringerem Umfang (0,6 % zwischen 1990 und 2000) Waldfläche verloren, meist durch Brennholzgewinnung, Brandrodung, Abweidung und starke Regenfälle, die auch in vielen Teilen Timors eine starke Erosion verursachen. Darunter leidet auch die Wasserqualität der Küste, was wiederum Korallen und Fischbestände gefährdet. Hausmüll und seine Entsorgung ist ein Problem in Dili.
2000 gründete die UNTAET 15 Wildschutzgebiete (Protected Natural Areas PNA). Sie sind auch durch das Gesetz des unabhängigen Osttimor geschützt. Sowohl auf See als auch auf dem Land sollen sie Landschaften, seltene Arten und kulturelle Werte schützen. Dazu zählen Korallen, Feuchtgebiete und Mangroven ebenso wie historische, kulturelle und künstlerische Orte. Unter den geschützten Gebieten sind unter anderem die Insel Jaco und der Strand von Tutuala (hier soll Osttimors erster Nationalpark entstehen), der Tasitolu Peace Park (westlich von Dili) mit drei Salzseen und die Berge Tatamailau, Matebian, Saboria und Monte Mundo Perdido.