Gerade bei den Frauen hat die indonesische Besatzungszeit viele Spuren hinterlassen. Neben den Gewaltverbrechen (systematische Vergewaltigungen, sexuelle Sklaverei) sind auch Zwangssterilisationen, Zwangsabtreibungen und Zwangsverhütung zur Bevölkerungskontrolle und Indonesierung zu nennen. Die Serious Crime Unit der UNTAET berichtete von sogenannten Rape Houses in Suai, Bobonaro, Lolotoe, Gleno und im Hauptsitz der Aitarak-Miliz in Dili. Wurden Frauen in der Besatzungszeit als Aktivisten oder Angehörige der Freiheitskämpfer Opfer sexueller Gewalt, so gelten sie heute als sozial gebrandmarkt. Ihre Familien fühlen sich beschämt, Ehemänner weisen sie zurück, Kindern aus diesen Vorfällen wird oft die katholische Taufe und der Kirchenbesuch verwehrt.
Allgemein ist häusliche Gewalt ein großes Problem. Die Gründe dafür sind mit in den traumatischen Erlebnissen der Einwohner zu suchen. Die erste osttimoresische Frauenkonferenz im Juni 2001 kritisierte fehlende Gesetze zum Schutz der Opfer. Im Jahr 2000 wurden 169 Fälle häuslicher Gewalt angezeigt, was 40 Prozent aller begangenen Verbrechen ausmacht. [12]
Im Januar 2007 wurden drei Frauen im Distrikt Liquiçá beschuldigt, Hexen zu sein. Die Frauen im Alter von 25, 50 und 70 Jahren wurden ermordet und ihr Haus angezündet. Drei Verdächtige wurden von der UN-Polizei verhaftet. Es ist der erste Fall dieser Art im mehrheitlich katholischen Osttimor. [13]
Die Rolle der Frau verändert sich mit Erlangung der Unabhängigkeit langsam. Die FRETILIN setzt sich für die Gleichberechtigung von Mann und Frau ein, die auch in der Verfassung festgeschrieben ist. Derzeit sind vier Frauen Minister im Kabinett Ramos-Hortas, 25,3 % der Abgeordneten sind Frauen und bei den ersten kommunalen Wahlen wurden erstmals Frauen zu Chefs von Sucos und Dörfern gewählt. Kirsty Sword Gusmão, die Ehefrau des Staatspräsidenten Gusmão, ist die Gründerin und Vorsitzende der Alola Foundation [14], die sich für die Frauen in Osttimor einsetzt. Alola unterstützt vielfältige Projekte im ganzen Land. Der 3. November wird in Osttimor offiziell als Nationaler Tag der Frau begangen.