Die Lage um den flüchtigen ehemaligen Führer der meuternden Soldaten Alfredo Reinado eskalierte 2007. Zusammen mit 56 Getreuen war er einige Monate zuvor aus einem Gefängnis ausgebrochen, in dem sie wegen unerlaubten Waffenbesitzes und Mordes im Laufe der Maiunruhen einsaßen. Später erklärte Reinado sich bereit im Distrikt Ermera unter Aufsicht zu bleiben. Ende Februar 2007 floh Reinado jedoch mit seinen Leuten. Man schreibt ihnen den Überfall auf zwei Posten der Grenzpolizei zu, bei denen 23 teilweise schwere Waffen gestohlen wurden. Präsident Gusmão ermächtigte die internationale Friedenstruppe zur Verhaftung von Reinado und bat auch Indonesien um Unterstützung.
Am 1. März 2007 wurde Reinado in Same zusammen mit 150 Mann von der australischen Armee eingeschlossen. Zu ihm gesellten sich Gastão Salsinha, einer der Anführer der rebellierenden Soldaten und der Parlamentsabgeordnete der Partido Social Democrata (Osttimor) PSD Leonardo Isaac, um ihn zu unterstützen. Teile der Zivilbevölkerung flohen aus den Ort. Reinado drohte der Regierung erneut mit Bürgerkrieg, Australien warf er eine illegale Invasion in Osttimor vor. Am Morgen des 4. März stürmten australische Einheiten den Ort. Fünf Rebellen kamen ums Leben, doch Reinado und Salsinha konnten mit ihren Männern fliehen. Nur einige Rebellen konnten gefangen genommen werden. Isaac blieb unverletzt. In der Nacht darauf kam es zu Protesten und Ausschreitungen in Dili, Gleno und Ermera. Die UN-Polizei zog daraufhin weiteres Personal aus den Provinzhauptstädten ab, um die 1000 Polizisten in Dili zu verstärken. Es ist nun zu befürchten, dass auch westliche Ausländer Ziel der Gewalt werden, die bisher nur auf Einheimische begrenzt war.
Die internationale Friedenstruppe unter Führung Australiens und die UN-Polizei bleiben vorerst im Land, um die Sicherheitslage weiter zu stabilisieren und die bevorstehenden Wahlen 2007 zu sichern. Zu den 29.000 Flüchtlingen in Dili und 70.000 in anderen Distrikten des Landes, die seit 2006 in Flüchtlingslagern leben, kamen aufgrund der neuen Gewalt in Dili Anfang 2007 wieder 5.000 dazu.
Mitte April 2007 wurde ein neuer Versuch gestartet, die Rebellen wieder zu befrieden. Der damalige Premierminister Ramos-Horta stoppte die Jagd auf Reinado und begann mit Leonardo Isaac Gespräche zur Lösung des Problems.