Bis Ende 1999 wurden ungefähr 70 % der ökonomischen Infrastruktur durch pro-indonesische Milizen und Militärs verwüstet und über 260.000 Menschen waren gezwungen, nach Westen zu fliehen. Das Bruttoinlandsprodukt fiel 1999 um 30 %. Während der folgenden drei Jahre wurde das Gebiet mit einem massiven internationalen Hilfsprogramm unter Führung der UN wieder aufgebaut. Das Programm umfasste zivile Beobachter, eine 5.000 Mann starke Friedenstruppe und 1.300 Polizisten. Das Bruttoinlandsprodukt stieg daher, getragen von der Nachfrage an Dienstleistungen und vom Bausektor, kräftig an (15,4 bzw. 18,3 %) und das Vorkrisenniveau wurde wieder erreicht. Das Bruttoinlandsprodukt stagniert seit 2002. Im Jahre 2005 war ein Wachstum von 2,9 % zu verzeichnen. Die langfristigen Wachstumsziele der Regierung im Nicht-Öl- und Gassektor liegen bei 5 bis 6 %.
Osttimor ist, laut den Vereinten Nationen, heute das ärmste Land Asiens. Mit dem Abzug des UN-Personals bis zu den Unruhen 2006 schrumpfte die Wirtschaft des Landes weiter, heißt es in dem Bericht „Der Weg aus der Armut“ des UN-Entwicklungsprogramms 2006. Die Wirtschaftsindikatoren lägen weit hinter denen anderer asiatischer Länder. Die Arbeitslosigkeit beträgt ca. 20 %. Im November 2006 lebten nach den Unruhen noch knapp 100.000 Flüchtlinge in Lagern. 41 % der Bevölkerung leben unterhalb der Armutsgrenze, die die Vereinten Nationen auf 0,55 US-Dollar pro Tag festgelegt haben. Im Human Development Index (HDI) liegt Osttimor 2006 auf Platz 142.[16]
Probleme bereiten immer noch die zerstörte Infrastruktur (Straßen und Energieversorgung), ein eklatanter Fachkräftemangel und das hohe Lohnniveau aufgrund der internationalen Präsenz und der Einführung des US-Dollars als Währung. Diese Faktoren verringern die Konkurrenzfähigkeit Osttimors gegenüber seinen Nachbarländern.
Das Land steht noch immer vor der großen Herausforderung des Aufbaus der Infrastruktur und der Verbesserung der Lebensverhältnisse der Bevölkerung. Das GSM-Netz wurde von der Timor Telecom aufgebaut, die zu 50,1 % der Portugal Telecom gehört. Weitere Anteilseigner sind der Staat und Vodatel. Das Telekom-Monopol soll nun nach Plänen der Regierung gebrochen werden.
Schätzungen zufolge seien jährliche Investitionen von 40 Millionen Euro nötig, um pro Jahr ein Wirtschaftswachstum von fünf bis sieben Prozent zu erzielen. Damit könne die Armut bis 2015 um ein Drittel reduziert werden. „Angesichts der voraussichtlichen Einnahmen aus dem Handel mit Öl und Gas ist dies technisch und finanziell machbar“, stellt der UN-Report fest.