Das staatliche Bildungssystem ist dreistufig. Auf die fünfjährige Grundschule, die Kinder ab einem Alter von fünf Jahren besuchen dürfen, folgt die dreijährige Mittelschule. Die eigentliche Sekundarbildung umfasst die zweijährige Ausbildung an einer High School, die mit einer Prüfung abgeschlossen wird, und im Anschluss daran an einer Higher Secondary School, die ebenfalls zwei Jahre dauert. Der erfolgreiche Abschluss der Higher Secondary School berechtigt zum Besuch einer staatlichen Universität. In Pakistan gibt es über 110 anerkannte staatliche und private Universitäten[33].
Neben den staatlichen Schulen stellen Tausende von Medresen oder Koranschulen eine wichtige Stütze des Bildungswesens dar. Sie bieten in der Regel auch Kindern aus armen Familien, denen der Besuch einer staatlichen Bildungseinrichtung nicht möglich wäre, eine kostenlose Grundbildung. Nicht selten leisten sie auch humanitäre Hilfe. Allerdings unterliegen sie keinerlei staatlicher Kontrolle, sodass religiöse Extremisten Medresen nutzen können, um extremistisches Gedankengut zu verbreiten. Dies trifft Schätzungen zufolge auf bis zu zehn Prozent aller Koranschulen zu.