In großen Teilen Pakistans lässt das wüstenhafte Klima nur eine äußerst spärliche Vegetation zu. Wälder gab es ursprünglich in Form von Galeriewäldern entlang des Indus und seiner dauerhaft Wasser führenden Nebenflüsse sowie in Form von Nadelwäldern in den Hochgebirgen des Nordens. Während sich letztere zumindest zum Teil erhalten haben, sind die Flusswälder heute fast vollständig zerstört. Insgesamt sind nur noch rund vier Prozent der Fläche Pakistans bewaldet. In den Tiefebenen haben hohe Bevölkerungsdichte und intensive landwirtschaftliche Nutzung zur Herausbildung einer durch den Menschen geprägten Kulturlandschaft geführt.
Große, zusammenhängende Waldbestände finden sich noch in der Hochgebirgszone in Nordpakistan. Zwischen 1000 und 3000 Metern Höhe erstrecken sich dichte Nadelwälder mit verschiedenen Kiefernarten (Pinus), Himalaya-Zedern (Cedrus deodara) und Himalaya-Fichten (Picea smithiana), gelegentlich auch Mischwälder mit Eichen (Quercus). In den niederschlagsärmeren Berggegenden des Hindukusch im äußersten Nordwesten und des Karakorum im äußersten Norden und Nordosten herrschen Gebirgstrockenwälder mit Trockenkiefern (Pinus gerardiana) und Steineichen (Quercus ilex) vor. Unmittelbar oberhalb der Baumgrenze gedeihen Rhododendren und andere Zwergsträucher, darüber gibt es nur noch alpine Matten. Die Schneegrenze liegt bei über 4500 Metern, im Karakorum sogar bei 5400 bis 5800 Metern.
In den sich südlich an den Hindukusch anschließenden Randgebirgen sowie im Sulaiman- und Brahuigebirge wachsen Trockenlaubwälder mit Ölbäumen (Olea) und Akazien (Acacia). In den tieferen Lagen sind diese durch Überweidung oft stark degradiert.
Offene Dornwälder waren früher die typische Vegetationsform der Indus-Tiefebene. Heute ist diese Waldform jedoch durch die großflächige Nutzung der Ebenen als Ackerland weitestgehend zurückgedrängt und beschränkt sich auf kleine, verstreute Waldinseln. Charakterpflanzen sind niedrige, gut an die Trockenheit angepasste Baumarten wie der Khejribaum (Prosopis cineraria). Das Unterholz besteht vor allem aus Dornbüschen. Im Mündungsdelta des Indus bilden salzwasserresistente Avicennia-marina-Bäume Mangrovenwälder.
In Belutschistan, in den unbewässerten Teilen des Sindh sowie im Südosten und Westen des Punjab dehnen sich baumfreie Halbwüsten und Wüsten aus. Die Pflanzendecke besteht dort aus besonders ausdauernden Hartgräsern und Dornsträuchern. Nur in Oasen kommen auch niedrige Baumarten vor.