Der Panamákanal verbindet das Karibische Meer mit dem Pazifischen Ozean. Die größten Häfen des Landes sind Balboa, Cristóbal, Bocas del Toro, Almirante und Puerto Armuelles. Die Handelsflotte von Panamá ist mit 6184 Schiffen z. Zt. die größte der Welt, was allerdings auf die Praxis der Ausflaggung zurückzuführen ist: Fast alle hier registrierten Schiffe befinden sich in ausländischem Besitz und sind mit ausländischen Mannschaften besetzt.