Die Niederländer nahmen den Westteil der Insel 1828 in Besitz, während der Ostteil von kolonialen Bestrebungen noch unberührt blieb. Um 1860 begann die Firma Johann Cesar Godeffroy & Sohn aus Hamburg an der Nordküste mit Kopra und anderen Kokosprodukten Handel zu treiben, um den enormen europäischen Bedarf an Kopra zu decken. Von Valparaíso aus gründete die Firma 1855 eine Faktorei auf den benachbarten Salomonen und überzog die Südsee mit einem Netz von 45 Niederlassungen und Agenturen.
Das Deutsche Reich und das Vereinigte Königreich lieferten sich bald ein Wettrennen, wer den noch freien Ostteil der Insel zuerst zu eigenem Besitz erklären würde. Nachdem deutsche Kapitäne und der Ornithologe Otto Finsch an der Nordküste mit der Hissung von Flaggen Fakten geschaffen hatten, einigten sich die beiden Staaten 1885, den Ostteil noch einmal in der Mitte zu teilen. Der Norden wurde Kaiser-Wilhelms-Land (KWL) getauft und Schutzgebiet einer großen deutschen Kolonialgesellschaft, der Neuguinea-Kompagnie.
Die Kompagnie machte schlechte Geschäfte und 1899 übernahm das Deutsche Reich das Prestigeobjekt als reguläre Kolonie. Der Name der Kolonie war Deutsch-Neuguinea, und sie umfasste außer Kaiser-Wilhelms-Land noch die Inselgruppen der Marianen, der Karolinen, von Palau, Nauru, und die Marshallinseln. 1914 besetzten australische Truppen gleich zu Beginn des Ersten Weltkriegs das deutsche Gebiet. Nach dem Krieg wurde die verlorene Kolonie vom Völkerbund als treuhänderisch zu verwaltendes Mandatsgebiet „Territorium Neuguinea“ an Australien übergeben.
Der Süden wurde am 6. November 1884 zum Protektorat Britisch-Neuguinea erklärt und am 4. September 1888 annektiert. Der Besitz wurde nach der Unabhängigkeit Australiens 1902 an dieses übertragen. Ab 1905 hieß der Südteil dann Territorium Papua und die faktische Herrschaft der australischen Verwaltung begann.
Der Westteil der Insel blieb niederländisch. 1963 erfolgte die Annexion der nun West-Papua bzw. Papua-Barat genannten Provinz durch Indonesien.