Wichtigste Flüsse in Peru sind der Amazonas und seine Quellflüsse Río Apurímac, Río Urubamba, Río Ucayali und Río Marañón, außerdem die Amazonas-Nebenflüsse Napo, Putumayo und Huallaga.
Die größten und wichtigsten Seen Perus sind der Titicacasee und der Lago Junín zwischen den Andenketten.