Peru ist ein Land mit Jahrtausende alten prä-inkaischen Kulturen. Die ersten Einwanderer kamen etwa 20.000 bis 10.000 v. Chr. in das heutige Peru. Etwa 4.000 v. Chr. begannen Ackerbau und Viehzucht. Die früheste heute noch erkennbare Hochkultur war die der Chavín de Huántar, die von ungefähr 800 v. Chr. bis 300 v. Chr. existierte. Um den Titicacasee entwickelte sich ab dem 1. Jahrhundert v. Chr. bis etwa 1000 n. Chr. die Tiahuanaco-Kultur. An der Küste entstanden im Bewässerungsgebiet der Andenflüsse im ersten Jahrtausend n. Chr. differenzierte Kulturen wie die der Moche in der Region um Lambayeque. Vor dem Inkareich war Chanchan als Hauptstadt der Chimú eine Großstadt mit entwickelter städtischer Kultur.
Das Reich der Inka entstand um 1200 und umspannte bis 1532 große Teile der heutigen Staaten Kolumbien, Ecuador, Peru, Bolivien, Argentinien und Chile. Die auf den Hochebenen Perus gelegene Stadt Cuzco war die Hauptstadt des Inka-Reiches.
Die Spanier eroberten ab 1532 dieses Land und gründeten für die spanische Krone das Vizekönigreich Peru, das auf seinem Höhepunkt vom heutigen Panama bis zum äußersten Süden des Kontinents reichte.
1821 wurde das Land durch José de San Martín und Simón Bolívar befreit und erhielt seine Unabhängigkeit. Rebellionen und Bürgerkriege verhinderten jedoch die Entwicklung eines modernen Staates.
Das heutige peruanische Nationalwappen wurde offiziell am 25. Februar 1825 durch Gesetz des Nationalkongresses festgesetzt. Die Zeichnung stammt vom Parlamentarier José Gregorio Paredes.
1879 brach der Salpeterkrieg aus, weil sich Bolivien und Chile seit der Unabhängigkeitserklärungen beider Länder durch O'Higgins in Chile 1817 und Bolivar in Bolivien 1825 über die Region Antofagasta gestritten hatten. Peru besaß mehrere Guano- und Minenunternehmen im umstrittenen Gebiet, Bolivien bot Peru im Falle eines Bündnisses wirtschaftliche Privilegien in Antofagasta an. Außerdem sah Peru seine politische und wirtschaftliche Vormachtstellung, die das Land aus Kolonialzeit als ehemaliges Vizekönigreich Spaniens übernommen hatte, durch Chile im Südpazifik gefährdet. 1874 wurde mit Bolivien ein Geheimpakt gegen Chile geschlossen. Diese Allianz konnte jedoch den Sieg Chiles nicht verhindern. Bolivien zog sich 1880 nach mehreren verlorenen Schlachten aus dem Krieg zurück und verzichtete vollständig auf seinen Anspruch auf die Region Antofagasta. Chile war inzwischen nordwärts in die peruanische Region Tarapaca einmarschiert und bot Peru den Waffenstillstand und einen Friedensvertrag an. Peru weigerte sich jedoch, Tarapaca an Chile abzutreten. Chile startete in den folgenden Jahren einen Invasionskrieg, und marschierte 1881 nach der Zerstörung des peruanischen Heeres in die Hauptstadt Lima ein. Die offizielle Regierung wurde aufgelöst, und der chilenische General Patricio Lynch wurde als Gouverneur des Landes eingesetzt. Jedoch waren einige peruanische Generäle wie Miguel Iglesias und Andres Caceres entkommen und versuchten, aus der östlichen und nördlichen Sierra einen organisierten Guerillakrieg zu führen, mit eher zweifelhaftem Erfolg. Caceres schaffte es im Juli 1883 noch, eine konventionelle Division von 1500 Mann zu stellen, um einen letzten Befreiungsschlag anzustreben. Allerdings wurden die letzten Hoffnungen in der Schlacht von Huamachuco vom chilenischen Colonel Alejandro Gorostiaga zerstört, der Krieg war endgültig verloren. Im Friedensvertrag von Ancon im Oktober 1883 wurde das Ende des Krieges besiegelt, Tarapaca und Tacna wurden an Chile abgetreten, und das chilenische Heer zog sich aus Peru zurück.
1968 übernahm eine Militärjunta unter Juan Velasco Alvarado in einem unblutigen Militärputsch die Regierung und versuchte, durch Boden- und Wirtschaftsreformen ein sozialistisches System zu etablieren. General Velasco wurde 1975 durch General Francisco Morales Bermúdez gestürzt, der wieder einen unternehmerfreundlicheren Kurs einschlug. 1980 übernahm der 1968 gestürzte Fernando Belaúnde Terry als gewählter Präsident erneut die Macht und übergab die verstaatlichten Unternehmen wieder in Privatbesitz.
In den 1980er-Jahren begann die linksgerichtete Guerilla-Organisation Sendero Luminoso („Leuchtender Pfad“) einen bewaffneten Kampf gegen die Regierung. Beide Seiten verübten grausame Massaker an der Zivilbevölkerung, um diese zu disziplinieren. Die Aktivität der Sendero Luminoso dauerte bis in die 1990er-Jahre. Die andere linke Guerilla des Landes, Movimiento Revolucionario Túpac Amaru, lehnte Gewalt gegen die Zivilbevölkerung ab.