Die Philippinen bestehen aus 7.107 Inseln, von denen jedoch nur etwa 880 bewohnt sind. Nur 11 Inseln haben eine Fläche von mehr als 2.500 km², die größten sind Luzon, Mindanao, Samar, Negros, Mindoro, Panay und Palawan; nur 1.000 sind größer als 1 km².
Der Archipel wird in drei Inselgruppen unterteilt: Luzon mit der Insel Luzon, die Visayas, u. a. mit den Inseln Palawan, Negros, Cebu, Leyte, Samar, Masbate und Bohol und als dritte Gruppe Mindanao, u. a. bestehend aus der Insel Mindanao, Basilan und dem Sulu-Archipel mit der Insel Jolo.
Im Kern sind die Inseln die Spitzen über den Meeresspiegel aufragender submariner Gebirgsketten an der Grenze zweier Kontinentalplatten, der Philippinischen und der Eurasischen. Großräumig gesehen sind die Philippinen Teil des Pazifischen Feuerrings mit Erdbeben und Vulkanismus als häufigen Begleiterscheinungen dieser Lage an der Plattengrenze. Es gibt derzeit etwa 20 aktive Vulkane, von denen der Pinatubo und der Mayon – beide auf Luzon gelegen – in den letzten Jahren besondere Aktivität zeigten. Die höchste Erhebung der Philippinen ist der Mount Apo. Östlich der Inselgruppe verläuft der Philippinengraben, mit einer Tiefe von bis zu 10.540 m einer der größten Tiefseegräben der Erde. Als Folge von Seebeben können riesige Flutwellen, die Tsunamis, entstehen.
Das Klima der Philippinen wird vor allem durch die Nähe zum Meer geprägt, kein Ort ist weiter als 200 km von der Küste entfernt. Die Lage der Inseln in den niederen tropischen Breiten und der Einfluss der umgebenden Meere bewirken eine über das Jahr sehr ausgeglichene Temperatur von rund 26° C mit nur geringen Schwankungen. Die meisten Niederschläge fallen im Zusammenhang mit dem Südwest-Monsun vor allem in der Zeit von Mai bis November. An der Westküste (Manila) bringt der Nordost-Monsun nur geringe Niederschläge, während an der Ostküste (Davao) ganzjährlich humides Klima herrscht. Wegen der überwiegend in Nord-Süd-Richtung verlaufenden Gebirge fallen an der Westseite der Inselgruppe deutlich weniger Niederschläge als an der Ostseite. Von August bis Oktober ziehen häufig Taifune über die Mitte und den Norden der Philippinen; zwischen 1945 und 2000 wurden die Philippinen von 349 Taifunen überquert oder gestreift.