Seit prähistorischer Zeit bewohnen Negritos oder auch Aetas genannt, als ursprünglichste Bevölkerung die Philippinen. In der Zeit von 3.000 bis 2.500 v. Chr. wanderten austronesische Stämme von Taiwan her kommend südwärts ins Land und verteilten sich von dort aus weiter Richtung Süden.
Vom 7. bis 13. Jahrhundert kamen Teile der Philippinen unter dem Einfluss von Sri Vijaya und später von Majapahit. Bis heute sind Wörter aus dem Sanskrit in den Philippinischen Sprachen erhalten. 1917 wurde in Mindanao eine Indisch-Malaiische Goldstatue aus der Majapahit Zeit gefunden. Ein noch wichtigerer Beleg für die kulturelle Verbindung zu malaiischen Kulturraum stellt die Laguna Kupferplatte dar, die aus dem 9. Jahrhundert stammt und in einer Mischung aus Sanskrit, Altjavanisch, Altmalaiisch und altem Tagalog geschrieben wurde, in einer Schrift die der javanischen Kawi Schrift ähnelt. Südchinesische Händler hatten ebenfalls einen großen Einfluss in der Region, was sich an zahlreichen Porzellanfunden aus der Zeit der chinesischen Sung-Dynastie zeigt.
Ab 1380 fasste der Islam auf den südlichen Philippinen Fuß, es entstanden verschiedene Sultanate, darunter das einflussreiche Sultanat von Jolo. Um 1500 erreichte er Luzón. Um 1530 wurde May Nilad (Manila) als Palisadenfestung an der Mündung des Flusses Pasig in die Manilabucht gegründet. Andere Orte wie Tondo, dass in der Laguna Kupferplatte erwähnt wird, waren bereits seit Jahrhunderten besiedelt. Die Gründer von Manila, malaiische Rajas aus Brunei, wählten einen bislang unbesiedelten Ort, der bis zur spanischen Eroberung im Jahre 1571 auf 10.000 Einwohner wuchs.
Weite Teile der Philippinen, vor allem der Süden, Palawan und die Gegend um Manila, wurden bis zur Ankunft der Spanier durch malaiische Rajahs islamisiert. Nach Meinung von philippinischen Historikern wären die Philippinen, ohne die Ankunft der Spanier Mitte des 16. Jahrhunderts, vollständig islamisiert worden, wie es heute in Indonesien oder Malaysia der Fall ist.